歷史沿革

本分署乃原巒大林區管理處與原埔里林區管理處合併改組而成。

原巒大處在日據時代為日商櫻井貞次郎所創設，名為「株式會社櫻井組」，隸屬台中州廳。民國23年10月開始經營，當時伐木作業區僅限於望鄉山及郡坑山，分別生產針葉樹及潤葉樹。光復後於民國34年12月由行政院長官公署農林處林務局接管。35年10月改隸林產管理委員會第三組，36年6月林務局林產管理委員會奉令撤銷，由前林產管理委員會第三組埔里辦事處及望鄉山分場改組而成立林產管理局巒大山林場，場址設於南投縣水里鄉。民國49年2月全台林務機構改制，巒大山林場併台中山林管理所之水里、竹山二分所易名為巒大林區管理處。民國50年7月移遷至集集鎮辦公。

至於原埔里林區管理處在日據初期係台中森林治水事務所，隸屬台中州廳，民國9年改屬殖產局營林所，民國34年由台灣行政長官公署農林處林務局接管。與豐原出張所合併改為台中山林管理所，民國38年又改組將原埔里山林管理所及嘉義山林管理所之竹山（包括原圖南產業株式會社）加以合併。民國41年台灣樟腦局裁撤，先後奉令接管樟腦局所屬11個製腦管理所，暨茶葉公司林業業務，嗣又將原持木農場亦加併入。民國49年2月16日政府為改善林業政策拓展統一經營方針，將林產管理局及所屬山林管理所與林場合併改制為林務局與林區管理處。台中山林管理所因而改名為埔里林區管理處掌管埔里、草屯二分所業務，仍在原址台中辦公。

政府為因應林業經營型態之改變，健全林業經營管理體質，於民國78年7月1日將林務局與所屬林區管理處正式改為公務機關，其中埔里與巒大林區管理處合併定名為南投林區管理處，合併初期辦公地點暫設於原巒大林區管理處之舊址，於79年11月1日遷入由原草屯工作站辦公室所擴建之辦公廳辦公。巒大林區管理處舊址則撥供新成立之特有生物研究保育中心使用。民國88年7月1日，各林區管理處復改隸中央行政院農業委員會。
 
88年9月21日發生「九二一集集大地震」，因辦公廳舍嚴重受創，緊急疏遷至台中市台中路289號埔里林區管理處舊址臨時辦公。基於事實需要，旋奉行政院核定重建辦公廳，惟因原址位於車籠埔斷層帶，不能就地重建，經輾轉覓得位於草屯鎮史館路456號作為重建辦公廳基地，於93年6月底正式遷入辦公迄今。

112年8月1日配合組織改造，機關名稱由「行政院農業委員會林務局南投林區管理處」更名為「農業部林業及自然保育署南投分署」。